SYNCED se déroule dans le futur proche de notre monde, où la nanotechnologie est devenue l'épine dorsale de la civilisation. Après une catastrophe connue sous le nom d'effondrement, les nanomachines se sont retournées contre leurs créateurs. Elles consomment les humains pour se reproduire et se transforment en nanos mortelles. Dans cette apocalypse, les joueurs se glissent dans la peau d'un runner, un courageux chevalier de fortune qui parcourt le méridien à la recherche de la précieuse substance nano-énergétique Nerva.

SYNCED ajoute une variante innovante au genre du jeu de tir en coopération, où les runners ne se contentent pas de s'associer en équipes de trois, mais peuvent aussi se synchroniser avec les Prime Nanos vaincus et les transformer en Companion Nanos. Il s'agit d'une ressource supplémentaire qui peut être utilisée de manière stratégique dans les combats rapides PvE et PvP du jeu.

De plus, SYNCED ajoute des éléments des looter shooters classiques, où les runners peuvent acquérir des ressources pour améliorer leur personnage dans les combats PvE et PvP. En même temps, ils débloquent des armes plus puissantes et des mods qui correspondent le mieux à leur style de jeu.